В 1959 году в Пугачеве была открыта восьмилетняя школа-интернат. Первым директором ее стал Виктор Иосифович Бессонов, который проработал в школе-интернате десять лет. При нем было построено общежитие, столовая, котельная, мастерские и спортивный зал. Начал работать детский лагерь «Чапаенок». У истоков стояли педагоги, о которых до сих пор с душевной теплотой вспоминают бывшие выпускники. Это М.Шевченко, Э Журавлева, М.Береговская, Т.Безрукова, Н. Исайкина, Т. Яценко, любимые тетя Настя и тетя Маша и многие другие. Первый набор детей-130 учащихся начальной школы. Очень быстро численность увеличилась до 430 человек. Наполняемость классов была очень большая - от 30 до 40 учащихся. Потом коллектив возглавил Арнольд Бенно Петрович. Он проработал здесь пятнадцать лег. В школе-интернате оказался очень сильный педагогический коллектив. В это время были построены новые спальные корпуса и столовая в детском лагере «Чапаенок». Не снижали работы и на подсобном хозяйстве.
С 1 сентября 1986 года статус учебного заведения изменился. Оно реорганизовано в Пугачевскую восьмилетнюю школу-интернат, а затем , двумя годами позже, в среднюю школу для детей-сирот и детей, оставшихся без попечения родителей. Сменился и руководитель: им стал Гущин Владимир Иванович. В это время была введена должность социального педагога. Первым социальным педагогом стала учитель иностранного языка Сергеева Таисия Михайловна. Она стала защитником прав и интересов воспитанников. Прием воспитанников начали вести по семейному принципу: не разъединяя братьев и сестер по разным детским домам и интернатам. В результате стали принимать и дошкольников. Впервые ребенка дошкольного возраста привезли в школу-интернат 20 марта 1991 года. Младшие ребята посещали детский сад №3, который находится рядом со школой-интернатом.
С 2009 года директором школы-интерната стала Урабасова Марина Анатольевна. Сегодняшнюю школу не сравнить со вчерашней. В общежитии и школе заменены деревянные окна на пластиковые, отремонтированы крыши школы, общежития, столовой и зданий хозяйственных построек. Классы пополнились новыми современными техническими средствами. Работает психологический кабинет, оснащенный современным оборудованием.
С ноября 2015 года изменился статус школы и она стала называться Государственным бюджетным общеобразовательным учреждением Саратовской области «Школа-интернат г.Пугачева».
С 2014 года открыты классы воспитанников, обучающихся по адаптированной программе.
